En form for VNTR (konflikten). Specielt, et segment af DNA karakteriseret ved forekomsten af et variabelt antal kopier (fra et par op til 30 eller deromkring) af en sekvens af omkring 5 eller færre baser (kaldet en gentaget enhed, konflikten). A typiske microsatellite er den gentagne enhed AC, som opstår på ca 100 000 forskellige steder i en typisk mammale genom. På alle ét websted (locus), er der normalt flere forskellige "alleler," hver identificerbare afhængig af antallet af gentagne enheder. Disse alleler kan påvises ved PCR (konflikten), ved hjælp af primere designet fra den unikke sekvens, der er placeret på hver side af microsatellite. Når the PCR produktet køres på en elektroforese gel, alleler er set til at variere i længde i enheder svarende til størrelsen af den gentagne enhed, f.eks., hvis primere svarer til den unikke sekvens straks på begge sider af microsatellite og hver 20 baserer længe, og en person er heterozygous for en AC microsatellite med én allel bestående af 5 gentager og den anden bestående af 6 gentager, heterozygote vil udstille to bands på gelen, et band der 20 + (2 × 5) + 20 = 50 baserer længe, og den anden allel er 20 + (2 × 6) + 20 = 52 baserer lang. Microsatellites har været standard DNA markør: de er let kan påvises ved PCR, og de har tendens til at være jævnt placeret overalt i genomet. Tusinder har været tilknyttet i mange forskellige arter.