En type af DNA-markør, genereres ved foraskning af genomisk DNA med to restriktionsenzymer til at oprette mange DNA-fragmenter, specifikke sekvenser af DNA (kaldet tilpasningsdele) ligation til enderne af disse fragmenter, amplifikation af fragmenter via PCR (ved hjælp af et sæt af primere med sekvenser svarende til netværkskort, forhøjet med forskellige tilfældige kombinationer af tre yderligere baser i slutningen), og visualisering af fragmenter via gelelektroforese. The PCR vil forstærke eventuelle fragment hvis sekvens sker til at starte med nogen af de tre-base sekvenser i sættet af primere. AFLPs har den væsentlige fordel, at mange markører kan genereres med relativt ringe indsats. De er et meget nyttigt middel til kvantificering omfanget af genetiske diversitet inden for og mellem populationer. Deres store ulempe er, at de er ikke specifikke for en bestemt locus og, fordi de er scoret som tilstedeværelse eller fravær af et band, heterozygotes ikke kan adskilles fra homozygotes, dvs., de nedarves i en dominerende mode.