En 1986 animerede film baseret på den animerede TV-serie af samme navn. Det blev udgivet i Nordamerika på 8 August 1986 og i Det Forenede Kongerige på 5 December 1986.

Filmen blev instrueret af Nelson Shin, der producerede den oprindelige transformere TV-serie, og egenskaber stemmer af Eric Idle, Judd Nelson, Leonard Nimoy, Casey Kasem, Robert Stack, Lionel Stander, John Moschitta, Jr., Peter Cullen og Frank Welker. Det også markerede de endelige roller for både Orson Welles og Scatman Crothers.

Historien foregår i 2005, 20 år efter begivenhederne i TV-seriens anden sæson og serverer til bro ind i den tredje sæson. Sæt til en soundtrack af synth-baserede scenemusik og hård kørsel metal musik, komponeret af Vince DiCola, filmen har en decideret mørkere tone end tv-serien med detaljerede visuals i Toei Animation typisk anime film styling og Decepticon skurke, der er mere truende, drab uden tøven. Filmen har flere grand kampe, hvor en håndfuld store tegn opfylder deres ende. Filmen slogan var: "hinsides godt. Ud over onde. Ud over din vildeste fantasi."

Unicron, en roaming kunstige planet, fortærer robot planeten Lithone, og kun to indbyggere flygte. De onde Decepticons kontrol Transformers' hjemplanet, Cybertron. Den heroiske Autobots med to af Cybertrons måner som iscenesættelse områder, forbereder sig på at strejke mod Decepticons. Behov for energon kuber, en Autobot shuttle er klar til lancering til Autobot by på jorden. En transmission er opfanget af Decepticons, der baghold shuttle, dræbe Brawn, strejftog, Ratchet og Ironhide, har til hensigt at bruge skibet til at infiltrere Autobot by.

På jorden, Daniel Witwicky og Hot Rod fisk i en sø nær Autobot City, diskuterer Daniels ensomhed, som hans far Spike er på en af månen baser. De afhente shuttle's underskrift, og løb op til Lookout Mountain at se det land. De spot Decepticons og indlede en forebyggende strejke. Efter en kort kamp, Decepticons angreb Autobot by. Den Autobots, herunder Ultra Magnus, Blurr, Springer, Perceptor og Arcee, omdanne Autobot byen til en fæstning. Som en belejring ensues, Ultra Magnus ordrer Blaster til radio for bistand fra lederen af Autobots, Optimus Prime. Den næste morgen, Optimus og Dinobots ankommer og med held frastøde Decepticons' angreb.

Optimus konfronterer Decepticon leder Megatron. Selvom Megatron er besejret, Optimus er dødeligt såret på grund af Hot Rod utilsigtet interferens. Starscream tager kommandoen over Decepticons og retreats med deres faldne leder og andre såret ombord på Astrotrain.

Perceptor informerer de andre Autoboter at Optimuss sår er fatal. Før hans død, Optimus opfordrer Ultra Magnus til at overtage kommandoen over Autobots og forsøger at give ham Autobot Matrix af lederskab, hævde, at Matrix vil en dag lys Autobots' mørkeste time. The Matrix falder ud af hånden på Optimus's, men er fanget af Hot Rod, der overfører det til Ultra Magnus. Optimus skærm og derefter flatlines og han bliver grå og dør.

Astrotrain mangel på brændstof beder Decepticons hen til udsende Insecticons, Thundercracker, Skywarp og Megatron. De resterende Decepticons skændes om hvem skal føre dem. The Decepticon castoffs støder på Unicron, der tilbyder at give Megatron og de andre nye organer, på betingelse af, at de ødelægger Autobot Matrix, som Unicron siger, er det eneste, der kan besejre ham. Megatron modvilligt accepterer og Unicron omdanner ham til en ny form: Decepticon kriger "Galvatron". Hans undersåtter er omformateret til Cyclonus, svøbe og fejer. Unicron giver dem et håndværk, hvor de rejser til Cybertron, hvor Galvatron udsletter Starscream og igen tager kommandoen over Decepticons.

På jorden, Autobotterne er advaret som Unicron forbruger Cybertrons måner, sammen med Autobots Jazz, Bumblebee, Cliffjumper, og Spike. Galvatron fører Decepticons i et andet angreb på Autobot by. Den Autobots ombord på et par af transport og flygte mod Cybertron. Hot Rod, Kup og Dinobots er skudt ned over planeten Quintessa, mens Ultra Magnus og virksomheden unddrage sig deres forfølgere og sat på planeten Junk for reparationer.

Optagede af Quintessa garderne, Hot Rod og Kup vidne domfældelse og henrettelse af Arbulus, en indfødt af Lithone. Mens fængslet overholder de Kranix, nu Lithones sidste overlevende, der fortæller dem om Unicron, før han er fodret med Sharkticons. Hot Rod og Kup er udsat for en mock retssag af Quintesson bødler, der punktum dem til udførelse. Kæmper mod Sharkticons, de er reddet ved ankomsten af Dinobots. Grimlock overtaler Sharkticons oprør mod Quintessons mens Autobots undslippe. Med hjælp fra Dinobots' nye allierede, Wheelie, gruppen lokaliserer et skib og afgår for at slutte sig til de andre Autoboter.

Galvatron jagter ned Autobots på Junk. Ultra Magnus undlader at vække den Matrix beføjelser og er sønderlemmet af fejer. Galvatron, ikke længere villige til at tjene Unicron, stjæler Matrix, har til hensigt at gøre Unicron hans slave. De tilbageværende Autobots bliver chikaneret af fjendtlige Junkion indfødte, ledet af vraget-Gar, indtil Hot Rod part ankommer og bliver ven med dem. The Junkions reparere Ultra Magnus og give et fartøj for at hjælpe Autobots kampen mod Unicron.

Galvatron forsøg på at undertvinge Unicron ved hjælp af matrixen, men er i stand til at frigøre sin magt. Unicron omdannes til en planet mellemstore robot og angreb Cybertron og dræber Dirge, fremstød, Ramjet og Shockwave. Galvatron åbner ild på Unicron, men Unicron sluger ham. Decepticons forsøger at imødegå Unicrons angreb, til ingen nytte. Når Autobotterne ankommer Hot Rod krak deres skib gennem en af Unicrons øjne og de befinder sig adskilt i hans krop. Vrag-Gar og Junkions kæmpe tilbage mod Unicron, men Unicron knuser deres skib.

Inde i Unicron, Hot Rod konfronterer Galvatron, mens Daniel og andre Autobots redde Spike og overlevende fra Unicrons angreb på Cybertrons måner. Den Autobots og Decepticons arbejde sammen for at bekæmpe Unicron. Galvatron forsøger at hjælpe Hot Rod, vel vidende at Unicron er en større trussel, kun for Unicron at tvinge Galvatron til at angribe. Hot Rod genopretter matrixen og slipper sin magt, omdanne ham til Rodimus Prime. Rodimus kaster Galvatron ud i rummet, så slipper den Matrix sande magt, tilintetgøre Unicron. Rodimus fører Autobots ud af Unicrons krop, før det eksploderer. Den Autobots indvinde Cybertron. Unicrons hoved baner Cybertron som en ny satellit.