Shedinjas organ er baseret på et insekt stald Exoskelet. Derfor, dens krop er helt hule (det besidder ingen indre organer). Shell består af kitin og er helt ude af bevægelighed. Som det er stald skallen af en fuldt udviklet Ninjask, det har en lignende figur til sidstnævnte. Shedinja hele kroppen er brune i farven; underlivet er en mørkere nuance. Findes fire fremspring hvor Ninjasks lemmer voksende. Hvad synes at være dens øjne er faktisk tilskærer; måske tidligere for Ninjask shell opstaldet for at se. Shedinja har et par hvad synes at være lasede "vinger" på ryggen, som faktisk er, hvor Exoskelet blev revet af Ninjask at bryde fri af skallen. Mellem dens "vinger" er et hul, hvoraf Ninjask undslap. Hver "wing" kløfter i tre mindre stykker. Disse "vinger" faktisk ikke udfører en funktion, som Shedinjas organ er immobilt og levitates. To vandrette streger cirkel dens underliv. En hvid halo flyder konstant over dets hoved.