Shaymin er et lille, pindsvin-lignende væsen. Dens krop er ren hvid. Ryggen er dækket med grøn skind og har en lyserød blomst med to blade på hver side af hovedet, som ligner Gracidea blomst, flere Gracidea-lignende blomster vises også på ryggen, hver gang det føles behageligt, men når den registrerer en overhængende fare, det hurtigt skjuler det tilbage. Dens benene er korte og dens undersiden er vaere. Shaymin er den mindste legendariske Pokémon til dato. Ifølge Pokédex højde 0'08 ", det er også blandt de næsten mindste Pokémon i eksistens, med sine kammerater bliver Diglett, Natu, Azurill, Budew, Burmy og Chingling, kun overgået af Joltik.