Manaphy er en lille, blå, akvatiske Pokémon. Den har Stumpen fødder og klubben-lignende våben, der er længere end dens krop. Manaphy har en rød perle på sit bryst og en gul prik nedenfor perle. Manaphy har et løg-formede hoved med et par lange blå antenner, der har små kugler på udgangen. Manaphy Irisarter, er mørkeblå, selvom de yderste dele af dens øjne er gul, med to gule prikker "øjenbryn" mærkning strækker sig fra øjne. Firs procent af Manaphys organ er lavet af vand og er stærkt modtagelige for sit miljø. , En af disse reaktioner er, at når Manaphy gengiver i et ocean, der er varmere end dem, de er hjemmehørende, vil barnet være en Phione i stedet for en anden Manaphy.